1. Науковий метод дослідження об’єктів, які не помітні неозброєним оком, за допомогою мікроскопа.
2. Розділ наукової дисципліни (наприклад, біології, медицини, мінералогії), що вивчає методику та техніку мікроскопічних досліджень.
3. Сукупність методів та прийомів практичного застосування мікроскопа для вивчення мікроструктури речовин, тканин, клітин тощо.