1. Живий організм, який можна розглядати лише під мікроскопом; до мікроорганізмів належать бактерії, археї, мікроскопічні гриби, водорості, найпростіші та віруси.
2. У широкому розумінні — будь-яка форма життя мікроскопічних розмірів, що існує окремо або є частиною колоній.