1. Сукупність мікроорганізмів (бактерій, архей, грибів, вірусів), що постійно мешкають у певному середовищі, органі чи екосистемі, наприклад, у кишечнику людини (кишкова мікробіота), у ґрунті або на шкірі.
2. Рід хвойних вічнозелених кущів родини кипарисових (Microbiota), представлений єдиним видом — мікробіотою перехреснопарною (Microbiota decussata), що росте на Далекому Сході.