Ханенко — українське прізвище, що походить від прізвиська «Хан» або «Ханько».
Ханенко — прізвище відомого українського козацько-старшинського, а згодом дворянського роду XVII–XIX століть, представники якого обіймали військові та урядові посади в Гетьманщині.
Ханенко — у мистецтвознавстві та музейній справі: прізвище, пов’язане з колекціонерами та меценатами, зокрема з Богданом Івановичем Ханенком (1849–1917) та Варварою Миколаївною Ханенко (1852–1922), фундаторами Київського музею західного та східного мистецтва (нині Національний музей мистецтв імені Богдана та Варвари Ханенків).