Прототропія — у хімії: ізомерія, що полягає в переміщенні атома водню в молекулі органічної сполуки з одного місця на інше з одночасним зсувом кратних зв’язків, що призводить до утворення таутомерних форм.
Прототропія — у біохімії та молекулярній біології: внутрішньомолекулярний перенос протона, який є механізмом каталізу в деяких ферментативних реакціях або пояснює стабільність певних біомолекул.