Сукупність мікроорганізмів (бактерій, грибків, архей тощо), що постійно або тимчасово мешкають у певному середовищі, органі чи на поверхні організму людини, тварини чи рослини, не спричиняючи при цьому захворювань і часто виконуючи корисні функції (наприклад, кишкова мікрофлора).
Усі мікроорганізми, що населяють певне природне середовище (наприклад, ґрунт, воду).