Протопорфірин — органічна сполука, безпосередній попередник гему (складової частини гемоглобіну, міоглобіну та цитохромів) у біосинтезі порфіринів, що містить залізо.
Протопорфірин — у клінічній медицині та біохімії: порфірин, накопичення якого в організмі спостерігається при деяких формах порфірій (наприклад, при еритропоетичній протопорфірії) і може виявлятися в еритроцитах, плазмі крові та калі.