Ендофермент — фермент, що синтезується всередині клітини та функціонує в її внутрішньоклітинному середовищі, каталізуючи метаболічні реакції (наприклад, гліколіз, цикл Кребса).
Ендофермент — фермент, що діє на полімерну молекулу, розщеплюючи її зв’язки не з кінців, а в середині полімерного ланцюга (наприклад, ендонуклеази, ендопептидази).