Дяконенко — українське прізвище, що походить від назви церковного сану «диякон» (церковнослужитель) з додаванням суфікса -енко, характерного для східноукраїнських регіонів.
Дяконенко — поширене прізвище серед української діаспори, зокрема в Канаді та США, що часто вказує на козацьке або селянське походження роду.