1. Технологічний процес очищення повітря, води або стічних вод від забруднюючих речовин (газів, парів, пилу, органічних сполук) шляхом пропускання їх через біофільтр — шар пористого матеріалу, заселений мікроорганізмами (бактеріями, грибами, водоростями), які поглинають та розкладають шкідливі домішки.
2. У більш широкому біологічному сенсі — природний або штучний процес фільтрації та нейтралізації шкідливих речовин в довкіллі за допомогою живих організмів або їх систем.