Алохромосома (від грец. allos — інший та chroma — колір) — це хромосома, що відрізняється за структурою, поведінкою під час поділу, та набором генетичного матеріалу від інших хромосом (актом).
У людей (X та Y хромосоми) алохромосоми визначають стать.