1. Прізвище українського походження, утворене від імені Агафонік (Агафоник) за допомогою патронімічного суфікса -ович, що вказує на належність до роду, сина певної особи (“син Агафоніка”).
2. Історична особа — представник козацької старшини Гетьманщини XVII–XVIII століть, зокрема, відомий генеральний осавул (1738–1740) за правління гетьмана Данила Апостола та його наступника Якова Лизогуба — Андрій Агафоникович.